Nie istnieją żadne doniesienia mówiące o tym, że hydrokolonoterapia wywołuje zaburzenia równowagi mikroflory jelitowej. Prawda jest taka, że w kilku badaniach dotyczących tego zagadnienia stwierdzono u pacjentów przed wykonaniem zabiegu poważne zaburzenia równowagi mikroflory określane jako dysbioza. Temu zjawisku często towarzyszą rozwinięte infekcje drożdżakowe lub pasożytnicze, podczas których toksyczne metabolity tych nadmiernie rozwiniętych mikroorganizmów sprzyjają rozwojowi szkodliwych bakterii.
Standardem jest, że po zabiegu podaje się pacjentom doustne probiotyki, zalecając dietę bogatą w substancje prebiotyczne. W wyniku przeprowadzenia serii zabiegów hydrokolonoterapii przywrócono u badanych pacjentów prawidłową równowagę mikrobiologiczną jelita grubego. U pacjentów z usuniętym wyrostkiem robaczkowym należy zastosować wlewkę z bakteriami probiotycznymi lub zwiększyć dawkę probiotyków podawanych doustnie.