Podczas zabiegu hydrokolonoterapii nigdy nie wlewa się jednorazowo więcej niż 1,5 do 2,5 litra wody.
Skuteczność zabiegu polega na wielokrotnym, łagodnym wypłukiwaniu, coraz głębszych odcinków jelita, oraz na wspomaganiu ewakuacji złogów poprzez łagodny, profesjonalnie przeprowadzany masaż jelita. Z tego względu zaleca się wykonywanie serii zabiegów, gdyż w pierwszym zabiegu oczyszcza się jedynie końcowy odcinek jelita, a dopiero w kolejnych zabiegach woda dostaje się coraz dalej aż do okolic jelita ślepego i zastawki kątniczo krętniczej łączącej jelito grube z jelitem cienkim.