Zabieg hydrokolonoterapii jest poważną ingerencją w organizm człowieka i może wywołać bardzo poważne negatywne konsekwencje zdrowotne. Powinien być wykonywany wyłącznie na podstawie zalecenia lekarskiego i wyłącznie przez wykwalifikowany personel medyczny, w gabinecie zabiegowym, spełniającym wymogi nadzoru sanitarnego i medycznego. Znane są doniesienia o zakażeniach zakończonych zejściami śmiertelnymi, o perforacji odbytnicy oraz o zaburzeniach elektrolitowych.
Większość tych incydentów miała miejsce właśnie w placówkach nie posiadających statusu medycznego, przez personel nie posiadający wykształcenia medycznego, a jedynie podstawowe przeszkolenie.
Najprawdopodobniej z tego powodu wielu lekarzy wypowiadających się na ten temat tworzy sytuację, którą można porównać do wylewania dziecka z kąpielą. We wszystkich tych opisanych przypadkach, jak wykazało postępowanie przed sądem, zaniedbano podstawowe zasady postępowania i dlatego doszło do tak dramatycznych konsekwencji.
Nawet powszechnie stosowane leki np. przeciwbólowe czy przeciwzapalne, użyte w nadmiarze mogą wywołać negatywne konsekwencje zdrowotne. Dotyczy to jednak wszystkich procedur medycznych. Wszędzie tam, gdzie pracują ludzie może dojść do błędów, czy wręcz karygodnych zaniedbań.
Dlatego rzeczywiście należy piętnować wszystkie przypadki gdzie zabiegi są wykonywane w placówkach, które nie mają statusu zakładów opieki medycznej i nie są poddane reżimowi sanitarnemu właściwemu dla tego typu placówek. Niedopuszczalne jest również, żeby zabiegi te były wykonywane przez personel nieposiadający odpowiedniego przygotowania medycznego i bez nadzoru lekarza.
Istnieje cały szereg przeciwwskazań do stosowania tego zabiegu i tylko lekarz jest w stanie właściwie ocenić stopień ryzyka. Z tego względu w niektórych ośrodkach oprócz badania ogólnego i wywiadu lekarskiego, przed wykonaniem zabiegu hydrokolonoterapii stosuje się badanie USG jamy brzusznej.