Hydrokolonoterapia znacząco różni się od lewatywy. W przeciwieństwie do lewatywy hydrokolonoterapię wykonuje się zawsze w specjalnie do tego celu przystosowanym gabinecie zabiegowym, wyposażonym w kabinę sanitarną, gdzie pacjent może się przebrać w komfortowych warunkach.
Ponadto placówka, w której wykonuje się zabiegi musi spełniać wysokie wymagania nadzoru sanitarnego i medycznego – między innymi w takiej placówce musi znajdować się np. toaleta dla niepełnosprawnych oraz zestaw przeciwwstrząsowy.
Zabieg wraz z przygotowaniem do zabiegu trwa około godziny i 15 minut. Przez cały czas trwania zabiegu pacjentowi towarzyszy wykwalifikowana pielęgniarka lub fizjoterapeutka.
Zabieg przeprowadza się przy pomocy kosztownego specjalistycznego urządzenia, które po każdym zabiegu poddawane jest 15 minutowej dezynfekcji.
Przed i po zabiegu mierzone jest ciśnienie krwi pacjenta, oraz sporządza się dokumentację medyczną. Po zabiegu cały gabinet wraz z kabiną sanitarną musi być gruntownie wysprzątany i zdezynfekowany, aby można było przyjąć kolejnego pacjenta.
To wszystko wyjaśnia, dlaczego zabieg ten nie może być tani. Wiele usług w zakładach kosmetycznych czy odnowy biologicznej ma znacznie wyższe ceny, mimo, że placówki te nie muszą spełniać tak rygorystycznych wymogów.